Anh Quốc đã xác định nhu cầu về một loại máy bay chiến đấu mới ngay từ năm 1971. Tới năm 1979, nhu cầu về một loại máy bay chiến đấu mới của Tây Đức đã dẫn tới việc phát triển chiếc máy bay khái niệm (concept) TFK-90.

Năm 1979 British Aerospace và Messerschmitt-Bölkow-Blohm đã giới thiệu một đề xuất chính thức tới chính phủ nước mình về Máy bay chiến đấu Hợp tác châu Âu [6] (ECF: European Collaborative Fighter) hay European Combat Fighter.[7]. Tháng 10 năm 1979, Dassault đã gia nhập dự án và ECF trở thành cuộc nghiên cứu chung giữa ba nước, và nó được gọi là Máy bay Chiến đấu châu Âu - European Combat Aircraft.[6]. Chính ở giai đoạn phát triển này cái tên Eurofighter đã được chính thức sử dụng.[8] Việc phát triển nguyên mẫu tại từng nước tiếp tục diễn ra; Pháp với ACX, Anh Quốc với P.110 và P.106 và Tây Đức với TFK-90. Dự án ECA đã sụp đổ năm 1981 vì nhiều lý do gồm cả khác biệt trong nhu cầu của từng nước, sự nhấn mạnh về "lãnh đạo thiết kế" của Dassault và sự ưu tiên cho phiên bản động cơ RB199 của Anh trong khi Pháp thích loại SNECMA M88.[8]

Vì thế các đối tác của Panavia (BAe, MBB và Aeritalia) đã tung ra chương trình Máy bay Chiến đấu Nhanh nhẹn (ACA) vào tháng 4 năm 1982.[9] ACA rất giống với loại P.110 của BAe, với cánh tam giác, cánh mũi và đuôi kép. Một khác biệt chủ yếu bên ngoài là việc thay thế cửa hút gió động cơ bên bằng một cửa hút gió chính giữa. ACA sử dụng phiên bản động cơ RB199 đã sửa đổi. Bộ Quốc phòng Anh đã đồng ý tài trợ 50% chi phí, 50% do các công ty gánh chịu. MBB và Aeritalia cùng tham gia với mục tiêu chế tạo hai chiếc máy bay, một tại Warton và một do MBB. Tháng 5 năm 1983 BAe đã thông báo một hợp đồng với Bộ Quốc phòng cho việc phát triển và chế tạo một chiếc máy bay trình diễn ACA gọi là Chương trình máy bay thực nghiệm.[9]

Năm 1983, Anh Quốc, Pháp, Đức, Italia và Tây Ban Nha đã đưa ra chương trình Máy bay Chiến đấu Tương lai châu Âu (FEFA). Chiếc máy bay này có khả năng cất hạ cánh thẳng đường băng ngắn (STOL) và chiến đấu ngoài tầm nhìn (BVR). Năm 1984, Pháp lặp lại yêu cầu của mình cần có phiên bản dành cho tàu sân bay và đòi hỏi có vai trò lãnh đạo. Anh Quốc, Tây Đức và Italia quyết định không tham gia và thành lập một chương trình EFA mới.

Ngày 2 tháng 8 năm 1985, tại Torino, Italia, Tây Đức và Anh Quốc đã đồng thuận cùng tiếp tục phát triển Eurofighter. Thông báo về thỏa thuận này xác nhận rằng Pháp cùng với Tây Ban Nha đã lựa chọn rút lui khỏi dự án.[10] Mặc dù có áp lực từ phía Pháp, Tây Ban Nha đã tham gia lại chương trình này vào tháng 9-1985..[11] Pháp chính thức rút lui để theo đuổi chương trình ACX của riêng mình, và nó sẽ phát triển thành kiểu Dassault Rafale.

Cũng trong năm 1985, BAe EAP đã chính thức giới thiệu BAe Warton, khi ấy được tài trợ bởi MBB và chính BAe. EAP cất cánh lần đầu ngày 6 tháng 8 năm 1986.[12] Eurofighter rất giống với EAP. Việc thiết kế tiếp tục kéo dài trong năm năm tiếp theo với những dữ liệu từ EAP. Nhu cầu đặt hàng ban đầu gồm: Anh Quốc 250 chiếc, Đức 250 chiếc, Italia 165 chiếc và Tây Ban Nha 100 chiếc. Tỷ lệ phân chia lợi nhuận - British Aerospace (33%), Daimler-Benz (33%), Aeritalia (21%), and Construcciones Aeronáuticas SA (CASA) (13%).

Eurofighter Jagdflugzeug GmbH cũng chính thức được thành lập năm 1986[13] với trụ sở chính tại München để quản lý việc phát triển dự án và liên doanh EuroJet Turbo GmbH, thành lập giữa Rolls-Royce, MTU Aero Engines, FiatAvio (hiện là Avio) và ITP cho việc phát triển động cơ EJ200.

Tới năm 1990 việc lựa chọn loại ra-đa lắp đặt cho máy bay đã trở một vấn đề gây trở ngại lớn. Anh Quốc, Italia và Tây Ban Nha ủng hộ loại ECR-90 của Ferranti Defence Systems, trong khi Đức thích loại APG-65 dựa trên MSD2000 (một liên doanh giữa Hughes, AEG và GEC-Marconi). Một thỏa thuận đã được ký kết sau khi Bộ trưởng Quốc phòng Anh Tom King đảm bảo với đối tác Tây Đức Gerhard Stoltenberg rằng chính phủ Anh sẽ cam kết tài trợ cho dự án và cho phép GEC có được Ferranti Defence Systems. Vì thế GEC đã rút lui sự ủng hộ cho MSD2000.[14]

Chuyến bay đầu tiên của nguyên mẫu Eurofighter diễn ra ngày 27 tháng 3 năm 1994 (khi ấy được gọi là Eurofighter EF 2000). Phi công thử nghiệm trưởng Peter Weger của Messerschmitt-Bölkow-Blohm đã lái nguyên mẫu bay vòng quanh Bayern. Trong thập niên 90 xảy ra nhiều cuộc tranh cãi lớn về việc phân chia công việc, tính năng kỹ thuật máy bay và thậm chí cả việc tham gia vào dự án.

Khi hợp đồng sản xuất cuối cùng được ký kết năm 1997, số lượng đặt hàng sau khi đã sửa đổi như sau: Anh Quốc 232, Đức 180, Italia 121 và Tây Ban Nha 87. Việc chế tạo được phân công theo số lượng hàng đặt: Aerospace Anh Quốc (37%), DASA (29%), Aeritalia (19.5%), và CASA (14%).

Vào tháng 9 năm 1998, tên Typhoon được chọn cho kiểu máy bay này, cho dù có những phê phán tên gọi này không nguyên gốc và kém chính xác về chính trị. Hawker Typhoon là kiểu máy bay tiêm kích ném bom của Không lực Hoàng gia Anh trong Thế Chiến II chống lại Đức Quốc xã trong những năm 1941-1945. Các tên gọi khác như Maelstrom và Vortex đã bị từ chối.

Eurofighter Typhoon đã được thử nghiệm tại Vidsel, Thụy Điển nơi nó đã phải trải qua các điều kiện thời tiết rất khắc nghiệt (tới -31˚C).

Vào tháng 5 năm 2007, chiếc Eurofighter Development Aircraft 5 bay thử lần đầu tiên với hệ thống radar CAESAR (CAPTOR Active Electronically Scanning Array Radar), một ứng dụng kỹ thuật radar quét điện tử tích cực của Euroradar CAPTOR.

Chi phí và chậm trễ

Chi phí cho dự án Eurofighter đã tăng cao so với những ước tính ban đầu. Chi phí cho chiếc máy bay của Anh Quốc đã tăng từ 7 tỷ bảng lên 19 tỷ bảng và ngày dự tính đưa vào hoạt động (2003 được coi là thời hạn chuyển giao chiếc máy bay đầu tiên cho Không quân Hoàng gia Anh) đã chậm 54 tháng.[15] Vấn đề Anh Quốc có tiếp tục tham gia 88 máy bay của Tranche 3 vẫn còn là nghi vấn.[16] Giá thành của Typhoon đã gây ra các tranh cãi khi mà tính ra nó còn mắc hơn cả F-22 và việc mua 107 chiếc đã làm tê liệt việc mua sắm mới của lực lượng quân đội Anh trong 20 năm[17].

Cuối năm 1990, ngày càng rõ là chính phủ Đức không còn nhiệt tình tham gia dự án nữa. Không quân Đức được trao nhiệm vụ tìm kiếm các giải pháp thay thế gồm cả việc thực hiện dự án Eurofighter với chi phí thấp hơn. Những lo lắng của người Đức về Eurofighter lên tới đỉnh điểm tháng 7 năm 1992, khi họ thông báo quyết định rời bỏ dự án. Tuy nhiên, vì đã là một thành viên tích cực ban đầu, tất cả các bên đều đã ký cam kết với dự án và tự thấy mình không thể từ bỏ.

Năm 1995 những lo ngại về việc phân chia công việc bắt đầu xuất hiện. Từ khi dự án Eurofighter hình thanh sự phân chia công việc đã được các bên đồng thuận theo tỷ lệ 33/33/21/13 (Anh Quốc/Đức/Italia/Tây Ban Nha) dựa trên số lượng đơn vị sẽ được đặt hàng bởi mỗi quốc gia tham dự. Tuy nhiên, sau đó tất cả các nước đều giảm số lượng đặt hàng của mình. Anh Quốc giảm từ 250 còn 232, Đức từ 250 còn 180, Italia từ 165 còn 121 và Tây Ban Nha từ 100 còn 87. Theo mức độ đặt hàng này, tỷ lệ công việc phân chia sẻ là 39/24/22/15; tuy nhiên Đức không muốn mình bị mất một phần công việc lớn như vậy. Tháng 1 năm 1996, sau nhiều cuộc đàm phán giữa các bên đối tác Anh Quốc và Đức, một bản thỏa thuận đã được ký kết theo đó Đức sẽ đặt hàng thêm 40 chiếc máy bay từ năm 2012. Tỷ lệ phân chia công việc theo đó sẽ là 43% cho EADS MAS tại Đức và Tây Ban Nha; 37.5% BAE Systems tại Anh Quốc; và 19.5% cho Alenia tại Italia.[18]

Một cột mốc quan trọng khác là Triển lãm Hàng không Farnborough tháng 9 năm 1996. Anh Quốc thông báo việc cung cấp vốn cho giai đoạn chế tạo của dự án. Tháng 11 năm 1996 Tây Ban Nha xác định số lượng đặt hàng của mình nhưng một lần nữa Đức lại trì hoãn đưa ra quyết định. Sau nhiều hoạt động ngoại giao giữa Anh và Đức, một thỏa thuận cấp vốn tạm thời 100 triệu DM (51 triệu €) từ chính phủ Đức vào tháng 7 năm 1997 cho việc tiến hành các chuyến bay thử được thông qua. Những cuộc đàm phán tiếp theo cuối cùng dẫn tới việc Đức chấp nhận mua Eurofighter vào tháng 10 năm 1997.

Dù đa số các vấn đề của dự án đều liên quan tới chính trị, với nhiều lần trì hoãn quan trọng đều có nguyên nhân từ việc cung cấp vốn và sự chần chừ từ phía các chính phủ, Typhoon cũng gặp phải một số vấn đề nhỏ về kỹ thuật.

Ngày 21 tháng 11 năm 2002, chiếc nguyên mẫu hai chỗ ngồi DA-6 của Tây Ban Nha rơi vì sự cố động cơ. Lỗi này được giải thích là có liên quan tới tiêu chuẩn thực nghiệm của động cơ được sử dụng cho chiếc máy bay. Ngày 16 tháng 1 năm 2006 một chiếc Typhoon T1 của RAF đã phải hạ cánh khẩn cấp tại căn cứ Không lực Hoàng gia Anh Coningsby. Bánh mũi đã không thể bật ra, dù đã sử dụng hệ thống điều khiển chính và hệ thống khẩn cấp. Chiếc máy bay đã phải hạ cánh bằng các bánh đáp phía sau và cho hoạt động đồng thời phanh không khí và phanh dù. Mũi sau đó đã từ từ hạ xuống, giảm tối thiểu thiệt hại cho máy bay. Các phi công nhanh chóng rời máy bay sau khi thang được đưa tới.[19] Chiếc Typhoon T1 của RAF hiện đã hoạt động trở lại.

Tháng 11 năm 2006, BAE Systems bắt đầu một chương trình nâng cấp để giúp 43 chiếc Typhoons thuộc tranche 1 của Không lực Hoàng gia Anh lên đủ tiêu chuẩn thông thường. Việc bảo trì định kỳ sẽ diễn ra đồng thời với việc nâng cấp.[20]

Các máy bay cung cấp cho quân đội Đức đã bị than phiền về chất lượng sản phẩm và nó đã gây ra một cuộc tranh luận giữa quân đội Đức và hãng sản xuất. Vụ việc gây hậu quả nghiêm trọng, tất cả việc sản xuất đến khi đó đã bị đình lại. Năm 2011 một nhân viên đã ghi nhận đến 68 lỗi có khả năng dẫn đến những trường hợp nguy hiểm. Các thanh tra sau khi kiểm tra đã công bố 35 khiếm khuyết từ khi sản xuất và 49 lỗi phát sinh sau 7 tháng. Ví dụ như máy đo độ cao hoạt động không đúng chỉ độ cao thấp hơn thực tế đến 60 m. Hệ thống điện tử là một trong các linh kiện của Eurofighters được bơm dầu không đạt khiến cho máy bay có thể bị mất thăng bằng và rơi, bu long bánh trước được gắn vào không đúng cách khiến nó lỏng ra khi bay[21]. Gần đây nhất thì ghế phóng của Typhoon trong các chiếc của Đức bị phát hiện không hoạt động. Hơn một nửa trong số 103 máy bay trong biên chế của Đức đang trong trạng thái không hoạt động do phát hiện các vấn đề kỹ thuật, thiếu phụ tùng thay thế, thiếu các chuyên gia kiểm tra cũng như đang cần được bảo dưỡng nâng cấp sửa chữa[22].